Από το σχολικό έτος 2020-2021 και εφεξής, κάθε σχολική μονάδα Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης οφείλει να έχει εγκεκριμένο Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας στον οποίο αναφέρονται θέματα σχετικά με τη λειτουργία της. Με τον όρο Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας του Σχολείου εννοούμε το σύνολο των όρων και των κανόνων που αποτελούν προϋποθέσεις, για να πραγματοποιείται ανενόχλητα, μεθοδικά και αποτελεσματικά το έργο του Σχολείου. Επιπλέον, ο Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας του Σχολείου αποτελεί σημαντικό παιδαγωγικό μέσο που βοηθά στην ομαλή σχολική ζωή, στη συνεργασία, στην αλληλεγγύη, στον δημοκρατικό διάλογο και στην αποδοχή της διαφορετικότητας.

Σκοπός του Εσωτερικού Κανονισμού Λειτουργίας του Σχολείου είναι η θεμελίωση ενός πλαισίου που υποστηρίζει το εκπαιδευτικό έργο και την απρόσκοπτη συμμετοχή όλων στην εκπαιδευτική διαδικασία, η διαμόρφωση κλίματος που στηρίζει την ολόπλευρη ανάπτυξη της προσωπικότητας των μαθητών/μαθητριών, η εξασφάλιση της σωματικής ασφάλειας και της συναισθηματικής πλήρωσης όλων των μελών της σχολικής κοινότητας, κ.ά.

Ο Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας συντάσσεται ύστερα από εισήγηση του Διευθυντή/της Διευθύντριας της σχολικής μονάδας και με τη συμμετοχή όλων των μελών του συλλόγου διδασκόντων, των μελών του διοικητικού συμβουλίου του συλλόγου γονέων και κηδεμόνων, καθώς και εκπροσώπου του οικείου Δήμου. Στις σχολικές μονάδες της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης στη διαδικασία συμμετέχει και το Προεδρείο του δεκαπενταμελούς μαθητικού συμβουλίου.

Για το σχολικό έτος 2024-2025, έχει επικαιροποιηθεί ο Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας της Σχολικής Μονάδας του ΕΠΑ.Λ. Ηράκλειας και έχει εγκριθεί από την Σύμβουλο Παιδαγωγικής Ευθύνης και τον Διευθυντή της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Σερρών.